Il borgo di Pontedassio fu un antico possedimento del vescovo di Albenga, assieme al villaggio di Oneglia di cui seguì le sorti storiche nel tempo. Nel 1298 divenne dominio della famiglia genovese Doria, entrando a far parte della castellania di Bestagno.

Nei primi secoli del basso medioevo all’insediamento agropastorale sparso, spesso realizzato con sistemi e materiali deperibili, si sostituì il centro arroccato in pietra. Dopo l’acquisto sabaudo della valle di Oneglia nel 1957, Pontedassio fu il centro nodale dei commerci oleari provenienti dai territori portorini e del dianese, diretti in Piemonte.